Доходы, полученные от продажи недвижимого имущества, использовавшегося в предпринимательской деятельности, не освобождаются от обложения НДФЛ независимо от срока владения такими объектами. Такое разъяснение содержится в письме Минфина № 03-15-05/64949 от 24.07.2020 г.
В соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 НК РФ при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета, в частности, при продаже имущества.
В то же время на основании подпункта 4 пункта 2 статьи 220 НК РФ,указанный подпункт не применяется в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.
Что же касается минимального предельного срока владения, дающего право вообще не уплачивать НДФЛ, то он не распространяется на нежилую недвижимость. В пп.17.1 ст. 217 НК РФ указано, что положения этого подпункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности. Там же указано исключение из этого правила — жилые дома, квартиры, комнаты, включая приватизированные жилые помещения, садовые дома или доли в них, а также транспортные средства.
Таким образом, при продаже нежилой недвижимости ИП (или бывшему ИП) придется платить НДФЛ. Либо уменьшать его другими вычетами, например, социальными или покупкой квартиры, если не был ранее использован имущественный вычет на приобретение жилья. Впрочем, у ИП есть и другой вариант налогообложения — УСН. Если предприниматель применяет упрощенку, то доход от продажи имущества, используемого в предпринимательской деятельности, облагается налогом по УСН.