Если ваш покупатель поздно заплатил за товар и за это по договору положена неустойка, то облагать ее НДС не надо.
Вообще, по статье 162 НК в базу по НДС включаются суммы, связанные с оплатой реализованных товаров.
Но неустойка сюда не относится. Об этом еще в 2008 году заявил ВАС РФ.
Нестойка как ответственность за просрочку обязательств, полученная от контрагента по договору, не связана с оплатой товара в смысле статьи 162 НК. Поэтому она не облагается НДС.
Но если полученная от покупателя неустойка фактически таковой не является, а представляет из себя часть цены товара, то ее надо облагать НДС.
Такое разъяснение дает Минфин в письме № 03-07-11/94424 от 23.11.2021.