В случае осуществления налоговым агентом перерасчета сумм НДФЛ за период, который относится к деятельности ликвидированного обособленного подразделения, следует представить в ИФНС по месту учета налогового агента уточненный расчет по форме 6-НДФЛ.
В отчете следует указать ИНН и КПП налогового агента, а ОКТМО — ликвидированного обособленного подразделения.
При этом по строке 090 расчета по форме 6-НДФЛ указывается общая сумма налога, подлежащая возврату налоговым агентом налогоплательщикам в соответствии со статьей 231 НК, нарастающим итогом с начала налогового периода.
Такие разъяснения дает ФНС в письме № БС-4-11/4405@ от 13.03.2019.