На основании абзаца первого пункта 5 статьи 78 НК зачет суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, производится налоговыми органами самостоятельноне более чем за три года со дня уплаты указанной суммы налога.
Минфин в письме № 03-02-07/1/96622 от 29.12.2018 пояснил, что предусмотренный абзацем первым пункта 5 статьи 78 НК срок на проведение зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки применяется к правоотношениям, возникшим начиная с 30.08.2018.