Вычеты по НДС могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории РФ товаров (работ, услуг) или товаров, ввезенных им на территорию РФ.
В то же время необходимо учитывать, что согласно пункту 1 статьи 172 Кодекса вычеты сумм налога, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении основных средств, оборудования к установке и НМА, указанных в пунктах 2 и 4 статьи 171 Кодекса, производятся после принятия на учет данных основных средств, оборудования к установке и (или) НПА в полном объеме.
Учитывая изложенное, принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение 3 лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением ОС, оборудования к установке и НМА, нормам НК не противоречит.
Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-07-11/63070 от 04.09.2018.
Вычет НДС по одному счету-фактуре можно заявлять частями в течение 3 лет. Но не всегда