Общая сумма налога, возвращенная налоговым агентом налогоплательщикам в соответствии со статьей 231 НК, нарастающим итогом с начала налогового периода отражается в форме 6-НДФЛ по строке 090.
В случае если работнику организацией в апреле 2017 года произведен возврат суммы НДФЛ, удержанного с начала года, на основании уведомления о подтверждении права на имущественный налоговый вычет, то данная операция подлежит отражению по строкам 030 и 090 раздела 1 расчета по форме 6-НДФЛ за полугодие 2017 года. При этом значение строки 070 не уменьшается на сумму налога на доходы физических лиц, подлежащую возврату на основании уведомления о подтверждении права на имущественный налоговый вычет.
Представление уточненного расчета по форме 6-НДФЛ за первый квартал 2017 года в указанной ситуации не требуется.
Такие разъяснения дает ФНС в письме № БС-4-11/6925 от 12.04.2017.