Представление организацией-правопреемником отдельной налоговой декларации по НДС за реорганизованную организацию осуществляется в соответствии с положениями пункта 16.5 раздела II Порядка заполнения, утвержденного приказом ФНС России от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@.
В этой связи АО необходимо представить налоговую декларацию по НДС за ООО как за реорганизованное лицо с отражением операций данной организации и отдельно налоговую декларацию по НДС за АО с отражением собственных операций.
Такие разъяснения дает ФНС в письме № 15-3-03/109@ от 29.03.2017.