В случае если сотрудник организации в связи со служебной необходимостью направляется организацией в место командирования из места нахождения в отпуске, а по окончании командировки возвращается в место нахождения организации-работодателя, суммы возмещения организацией стоимости проезда сотрудника от места проведения отпуска до места командирования и от места командирования до места работы не подлежат обложению НДФЛ на основании абзаца десятого пункта 3 статьи 217 НК.
Поскольку освобождения от налогообложения сумм оплаты проезда сотрудников организации к месту проведения отпуска НК не предусмотрено, суммы оплаты проезда сотрудников от места командирования к месту проведения отпуска и от места проведения отпуска до места жительства, являясь экономической выгодой сотрудников, подлежат обложению НДФЛ в установленном порядке.
Что касается налога на прибыль, то расходы на оплату проезда работника из места проведения отпуска к месту проведения командировки и из места командировки к месту постоянной работы могут учитываться в составе расходов в целях налогообложения прибыли организаций на основании подпункта 12 пункта 1 статьи 264 НК РФ.
При этом затраты на проезд работника из места командировки к месту проведения отдыха налогоплательщик не вправе учесть в расходах для целей налогообложения прибыли организаций, так как данные расходы не соответствуют требованиям положений статьи 252 Кодекса.
Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-04-06/1546 от 17.01.2017.