При аннулировании записи из книги покупок (после окончания текущего налогового периода) по счету-фактуре в связи с внесением в него исправлений используются дополнительные листы книги покупок за тот налоговый период, в котором ранее был зарегистрирован счет-фактура.
Если ошибка записи данных по счету-фактуре в книге покупок выявлена до срока представления налоговой декларации за истекший налоговый период, то дополнительный лист книги покупок за указанный налоговый период не составляется.
Если ошибка записи данных по счету-фактуре в книге покупок выявлена после даты представления налоговой декларации за истекший налоговый период, то формируется дополнительный лист книги покупок за тот налоговый период, в котором была допущена ошибка. В указанном дополнительном листе книги покупок производятся записи по счету-фактуре, подлежащие аннулированию (с отрицательным значением), и в следующей строке осуществляется регистрация указанного счета-фактуры с правильным отражением показателей в соответствующих графах дополнительного листа книги покупок (с положительным значением).
При этом в случае, когда ошибка привела к занижению суммы налога в ранее сданной декларации, после внесения в установленном порядке изменений в книгу покупок необходимо сдать уточненную налоговую декларацию за тот налоговый период, в котором были внесены соответствующие изменения в книгу покупок.
Такие разъяснения дает ФНС в письме № СД-4-3/25440@ от 29.12.2016.