К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, в частности, относятся выполненные в интересах налогоплательщика работы.
Таким образом, стоимость произведенных организацией-арендатором неотделимых улучшений является доходом, полученным физическим лицом - арендодателем в натуральной форме, и подлежит налогообложению НДФЛ по ставке 13%.
При этом дата фактического получения арендодателем дохода в этом случае определяется как день окончания действия договора аренды, в соответствии с которым были произведены такие улучшения.
Обязанность по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению в бюджет НДФЛ в данной ситуации возлагается на организацию, арендующую нежилое помещение у физлица, признаваемую налоговым агентом.
Такой вывод содержится в письме Минфина № 03-04-05/79439 от 29.12.2016.