Налогоплательщики имеют право не составлять счета-фактуры в отношении операций по реализации товаров (работ, услуг), не подлежащих налогообложению. Это следует из нормы пп.1 п.3 ст.169 НК РФ.
В то же время запрета на составление счетов-фактур при осуществлении указанных операций нормами статьи 169 НК не предусмотрено.
В связи с этим составление счетов-фактур с отметкой "Без налога (НДС)" при реализации товаров (работ, услуг), освобождаемых от налогообложения НДС в соответствии со ст. 149 НК РФ, нормам Налогового Кодекса не противоречит.
Такой вывод содержится в письме Минфина № 03-07-14/64908 от 07.11.16