В письме от 19 августа 2016 г. N 03-07-11/48590 Минфин напомнил о ведении раздельного учета при наличии как облагаемых, так и освобождаемых от НДС операций.
Налогоплательщик имеет право не вести раздельный учет в тех налоговых периодах, в которых доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов. При этом все суммы налога, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами в указанном налоговом периоде, подлежат вычету.
В то же время положениями НК не предусмотрено право налогоплательщика не применять раздельный учет в случае, если в налоговом периоде доля расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, подлежащих налогообложению НДС, составляет менее 5% в общей величине расходов. В данном случае налогоплательщик обязан вести раздельный учет сумм НДС по товарам (работам, услугам), используемым для операций, как облагаемых НДС, так и не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения).
Источник: Audit-it.ru