При выходе участника из общества денежные средства выплачиваются участникам общества за счет уменьшения имущества общества, то есть имущества, являющегося собственностью самого общества, а не его участников. Поэтому выплата действительной доли, которую производит организация своему выходящему участнику, облагается НДФЛ по ставке 13%. При расчете НДФЛ можно будет учесть социальные, стандартные, профессиональные и/или имущественные вычеты.
Такое мнение в очередной раз высказал Минфин в письме № 03-04-05/38368 от 30.06.2016 г.