В письме от 09.02.16 № 03-03-06/1/6641 Минфин указал, что если налогоплательщик, применяющий в налоговом учете метод начисления, несет расходы, относящиеся к нескольким видам деятельности, по которым ведется обособленный учет, их распределение происходит с учетом положений статьи 272 НК.
Пунктом 1 данной статьи установлено, что расходы, которые не могут быть непосредственно отнесены на затраты по конкретному виду деятельности, распределяются пропорционально доле соответствующего дохода в суммарном объеме всех доходов налогоплательщика.
При этом НК не установлена методика ведения раздельного учета доходов (расходов). Поэтому налогоплательщики могут вести раздельный учет в любом порядке, позволяющем разграничить доходы (расходы), полученные (понесенные) от одного вида деятельности (в частности, деятельности в рамках СЭЗ), и доходы (расходы) от другого.
Источник: Audit-it.ru