НДФЛ с доходов выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется ЕНВД, следует перечислять в бюджет по месту учета индивидуального предпринимателя в связи с осуществлением такой деятельности. При этом в налоговый орган по месту своего учета в связи с осуществлением такой деятельности необходимо представить документы, содержащие сведения о доходах физических лиц и суммах налога (2-НДФЛ), а также расчет сумм налога на доходы физических лиц (6-НДФЛ). Об этом пишет Минфин в письме № 03-04-05/20162 от 08.04.2016 г.
В этом же письме индивидуальному предпринимателю предлагается перечислять НДФЛ с заработной платы административно-хозяйственного персонала по месту учета индивидуального предпринимателя в налоговом органе по месту жительства.