Счет-фактура выставлен позднее, чем через 5 дней после отгрузки: в вычете не откажут
В письме от 25.04.18 № 03-07-09/28071 Минфин рассмотрел ситуацию, когда заказчик получает услуги перевозки и транспортной экспедиции на регулярной основе, и при этом желает получать единый счет-фактуру за какой-то период, а не за каждую конкретную перевозку.