Если ИП-работодатель, совмещающий УСН и ПСН, прописан в одном месте, а деятельность по патенту ведет в другом, то и НДФЛ с зарплаты сотрудников надо платить в зависимости от того, в какой деятельности они заняты.
Если выплаты людям идут в рамках деятельности по ПСН, то платить за них НДФЛ надо по месту учета ИП по этой деятельности.
Если же сотрудники заняты в УСН-деятельности, то платить за них НДФЛ надо в бюджет по месту жительства ИП.
Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-04-05/99172 от 07.12.2021.