С 1 января 2018 года на основании пункта 2.1 и подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК при приобретении товаров (работ, услуг) за счет субсидий или бюджетных инвестиций, суммы НДС, предъявленные налогоплательщику либо фактически уплаченные им при ввозе товаров на территорию РФ, вычету не подлежат независимо от факта включения суммы НДС в субсидии.
Статьей 4 Федерального закона № 303-ФЗ, вступившего в силу с 3 августа 2018 года, установлено, что налогоплательщики, поименованные в данной статье, в отношении товаров (работ, услуг), имущественных прав, приобретенных за счет субсидий и (или) бюджетных инвестиций, полученных до 31 декабря 2018 года включительно, применяют положения пункта 1 и подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК в старой редакции, согласно которым восстановлению подлежали суммы НДС, принятые к вычету по товарам (работам, услугам), только в случае получения налогоплательщиком из бюджетов субсидий на возмещение затрат (включая НДС), связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом НДС, а также на возмещение затрат по уплате НДС при ввозе товаров на территорию РФ.
Учитывая изложенное, начиная с 3 августа 2018 года вышеуказанные налогоплательщики вправе уточнить свои обязательства по уплате НДС за I и II кварталы 2018 года в отношении сумм НДС, восстановленных на основании подпункта 6 пункта 3 статьи 170 НК.
Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-07-11/95293 от 27.12.2018.