При аренде объекта муниципального нежилого фонда у органа местного самоуправления арендатор указанного имущества должен уплатить в бюджет НДС. Это следует из п.3 ст. 161 НК.
При этом исчисление НДС производится налоговым агентом расчетным методом исходя из налоговой ставки 18/118.
Такие разъяснения дает Минфин в письме № 03-07-14/9228 от 15.02.2018.