В соответствии с пунктом 1.1 статьи 172 НК налоговые вычеты по НДС при приобретении товаров (работ, услуг) могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия их на учет.
В то же время необходимо учитывать, что согласно пункту 1 статьи 172 НК вычеты сумм налога, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении основных средств, оборудования к установке или НМА производятся после принятия на учет данных ОС, оборудования или НМА в полном объеме.
Таким образом, вычет НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет ОС, оборудования к установке или НМА нормами НК не предусмотрен.
К такому выводу пришел Минфин в письме № 03-07-11/73708 от 09.11.2017.