Минфин в письме № 03-02-07/1/67974 от 18.11.2016 указал, что если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании, городах федерального значения Москве, Санкт-Петербурге и Севастополе на территориях, подведомственных разным налоговым органам, постановка организации на учет может быть осуществлена налоговым органом по месту нахождения одного из ее обособленных подразделений, определяемого этой организацией самостоятельно.
При этом данная норма не распространяется на обособленные подразделения, которые находятся на территориях различных субъектов РФ.
Между тем выбор организацией налогового органа по месту нахождения одного из обособленных подразделений не отменяет обязанности, установленной пунктом 7 статьи 431 НК по представлению плательщиками, указанными в подпункте 1 пункта 1 статьи 419 НК, расчетов по страховым взносам в налоговый орган по месту нахождения организации и по месту нахождения обособленных подразделений организаций, которые начисляют выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц.